Ustanova je ustrojena kao jedinstvena pravna osoba bez podružnica u svojem sastavu. Tijela Ustanove su Upravno vijeće i ravnatelj. Ustanovom upravlja Upravno vijeće. Voditelj ustanove je ravnatelj. Stručni rad Ustanove vodi stručni voditelj. Glavni čuvar prirode vodi stručne poslove neposrednog nadzora u Parku prirode na temelju Zakona o zaštiti prirode.

Ured ravnatelja

U uredu ravnatelja obavljaju se administrativni i stručni poslovi ravnatelja, protokolarni poslovi te poslovi odnosa s javnošću, komunikacija s tijelima državne uprave i lokalne samouprave te drugim pravnim i fizičkim osobama.

Odjel stručnih poslova zaštite, održavanja, očuvanja, promicanja i korištenja Parka prirode

Ovaj odjel obavlja stručne poslove koji se odnose na zaštitu, održavanje, očuvanje i korištenje Parka prirode, posebno poslove u vezi izrade programa zaštite, održavanja, očuvanja, korištenja i promicanja Parka prirode. Odjel je zadužen i za provedbu tih programa. Odjel prati stanja krajobraza te živog i neživog svijeta u Parku prirode te skrbi o kapitalnim ulaganjima u Parku prirode povezanima sa zaštitom, održavanjem, očuvanjem i korištenjem Parka prirode. Odjel, po potrebi, obavlja i druge stručne poslove.

Odjel čuvara prirode 

Služba čuvara prirode obavlja poslove nadzora u Parku prirode primjenjujući Zakon o zaštiti prirode i Pravilnik o zaštiti i očuvanju u Parku prirode Lonjsko polje, te poduzima zakonom propisane mjere protiv prekršitelja spomenutog zakona i pravilnika.

Odsjek za promidžbene aktivnosti i sustav posjećivanja 

Odsjek za promidžbene aktivnosti i sustav posjećivanja obavlja poslove promocije Parka prirode u zemlji i svijetu. Odsjek također organizira i provodi vođenje i prihvat posjetitelja, nadzire turističko-rekreativne djelatnosti te organizira stručna savjetovanja i simpozije.

Odsjek za opće, financijske i tehničke poslove

Odsjek za opće, financijske i tehničke poslove obavlja administrativne, kadrovske, pravne, financijske, knjigovodstvene i računovodstvene te poslove vezane uz održavanja objekata, opreme i vozila.