Na području Parka prirode Lonjsko polje registrirano je 550 biljnih vrsta.

Posebno vrijedna među njima je četverolisna raznorotka. Ta zaštićena biljka iznimno je rijetka u Europi. Četverolisna raznorotka u gustom sklopu pokriva muljevite površine travnjaka u depresijama, a u vrijeme povlačenja poplavnih voda postaje kopnena biljka. Očuvanje ove vrste vezano je za tradicionalno pašarenje, prije svega ispašu svinja na otvorenim zajedničkim pašnjacima.

Zanimljiva biljna vrsta je i rezac, biljka koja raste u rukavcima i dubljim vodama stajačicama. U srpnju se mogu vidjeti njihovi bijeli cvjetovi te oštri mesnati listovi kako vire iz vode.

Jedna od najzanimljivijih mirisnih vrsta je metvica. Zbog te dragocjene medonosne vrste u kolovozu travnjaci poprimaju ljubičastu boju.