Na području Parka prirode Lonjsko polje nalazi se šest osnovnih tipova staništa:

• Površinske kopnene vode i močvarna staništa
• Travnjaci
• Šikare
• Šume
• Kultivirane nešumske površine i staništa s korovnom i ruderalnom vegetacijom
• Izgrađena i industrijska staništa

(Karta staništa Parka prirode Lonjsko polje, Karta_stanista_PPLP )
(Priručnik za kartiranje i upravljanje staništima u Parku prirode Lonjsko polje, Prirucnik_za_kartiranje_i_upravljanje_stanistima_u_PPLP )

Pojedina su staništa u Parku prirode Lonjsko polje zaštićena na nacionalnoj razini. Na dodacima Direktive o staništima koja je vezana na europsku ekološku mrežu NATURA2000, nalaze se sva šumska staništa (91 60, 91 E0, 91 F0), amfibijska staništa (3139), prirodne eutrofne vode (3150), nizinske košanice (6510) i hidrofilni rubovi visokih zeleni uz rijeke (6430).

Napuštanje ruralnih područja i poljoprivredne proizvodnje u posljednjih nekoliko desetljeća za posljedicu ima zarastanje staništa i širenje invazivnih vrsta kao što su čivitnjača (Amorpha fruticosa), obalna dikica (Xanthium sturmarium) i pelinolisna ambrozija (Ambrosia artemisia).

Bilten 11, Invazivne vrste u Hrvatskoj i Parku prirode Lonjsko polje,  Bilten_Vol_11_No_1-2_2009