Na području Parka prirode Lonjsko polje živi 58 vrsta sisavaca, 16 vrsta vodozemaca, 10 vrsta gmazova, 43 vrste vretenaca, 33 vrsta riba te čak 250 vrsta ptica od kojih se 138 tamo i gnijezdi.

Posebno vrijedne vrste ptica koje su indikator očuvanosti staništa i kulturnog krajobraza, su bijela roda, crna roda, štekavac, žličarka i kosac.

Fauna parka nije u potpunosti istražena, pa se svake godine tijekom istraživanja naiđe na strogo zaštićenu vrstu koja do sada nije evidentirana.