Natura 2000 je ekološka mreža sastavljena od područja važnih za očuvanje ugroženih vrsta i stanišnih tipova Europske unije. Njezin cilj je očuvati ili ponovno uspostaviti povoljno stanje više od tisuću ugroženih i rijetkih vrsta te oko 230 prirodnih i poluprirodnih stanišnih tipova. Dosad je u ovu ekološku mrežu uključeno oko 27.500 područja na gotovo 20% teritorija EU, što je čini najvećim sustavom očuvanih područja u svijetu. Natura 2000  temelji se na EU direktivama, područja se biraju znanstvenim mjerilima, a kod upravljanja tim područjima u obzir se uzima i interes i dobrobit ljudi koji u njima žive.

Park prirode Lonjsko polje je dio ekološke mreže NATURA2000 – HR 2000416 sa 7 ciljnih staništa na popisu Dodatka II Direktive o staništima i 1 staništem od nacionalne važnosti te 17 ciljnih vrsta sa popisa Dodatka II Direktive o staništima i 8 nacionalno važnih vrsta. Šire područje Parka prirode Lonjsko polje je područje važno za ptice – Donja Posavina HR1000004 sa 27 ciljnih vrsta ptica sa popisa dodatka I Direktive o pticama. (klik http://www.bioportal.hr/gis/ )

Očuvanje područja ekološke mreže osigurava se uz provođenje postupka ocjene prihvatljivosti i učinkovitim upravljanjem područjem ekološke mreže